Back to top
bandeau.jpg

Les tendances à la mode

Sciences participatives

Les données récoltées selon des protocoles de Vigie-Nature permettent de suivre l’évolution de populations de nombreuses espèces : sont-elles stables, en déclin ou en hausse ? et à quel rythme ? On parle de tendances de populations, qui font office d’indicateurs de l’état de la biodiversité et qui sont souvent calculées à l’occasion d’études ponctuelles. Le développement d’un outil dédié est en cours, afin de produire ces indicateurs plus régulièrement et de les faire connaître au plus grand nombre, décideurs et grand public.

Si les inventaires permettent de connaitre la présence d’espèces sur un territoire, seuls les suivis sur des sites identifiés année après années permettent d’estimer les tendances des populations. Il faut plusieurs années de suivi et que les données soient suffisamment nombreuses pour pouvoir calculer des tendances fiables. C’est avec les données du STOC que Mathilde Vimont a développé ce que l’on nomme maintenant « la routine », un script automatisant les opérations pour produire les indicateurs de tendance. Lise Bartholus a pris la suite avec pour missions le maintien de cet outil et son développement pour étendre son utilisation à d’autres observatoires et décliner les indicateurs qui sont produits.

Mathilde_et_Lise.png

Mathilde Vimont (à gauche) et Lise Bartholus (à droite)

Quel est ton parcours ?
J’ai rejoint l’équipe Vigie-Nature au CESCO il y a deux mois, et je reprends le travail initié par Mathilde Vimont. Avant cela, j'ai commencé par une licence en biologie, puis j'ai fait le master Biodiversité Écologie Évolution à la Sorbonne. Je me suis spécialisée en conservation et surtout en statistiques, alors mes expériences de stage étaient consacrées à des analyses de données en biostatistiques appliquées à la conservation. Et puis j'ai voulu poursuivre dans les statistiques appliquées à l'écologie, à la conservation, à la biodiversité parce que c’est hyper intéressant : il y a plein de choses à faire et plein de besoins. J’ai travaillé sur des études suite à mes stages pendant un an, et maintenant me voilà !

En quoi consiste "la routine" ?
C’est un bloc de lignes de code et de calculs qui regroupe toutes les différentes étapes pour implémenter les données, les trier, les analyser, jusqu’à ce qu’on appelle les sorties : des cartes, des graphes avec les courbes des tendances etc. Donc c'est tout le traitement des données de A à Z jusqu’à une sortie interprétable par un humain. On l'appelle "routine" parce que l'idée c’est de la faire tourner pour obtenir les indicateurs régulièrement, avec les nouvelles données qui sont ajoutées chaque année. Par exemple pour le STOC, elle avait déjà tourné l’année dernière et puis là, on la refait tourner avec les données récoltées en 2023.

indicateurgroupe.png

Exemple de variations d'abondance pour les oiseaux vivant dans différents types d'habitats, à partir desquelles les tendances sont calculées.

 

Qu’apportera-t-elle pour la conservation de la biodiversité ?
En systématisant les calculs de tendance, on pourra les produire plus régulièrement et les mettre à disposition pour échanger avec des acteurs nationaux, régionaux, des associations, des collaborateurs qui demandent ce type d’informations. C'est un outil très important et hyper utile pour définir de potentielles mesures environnementales à différentes échelles en France, en s’appuyant sur les sorties des tendances. Par exemple si l’on voit qu’il y a des espèces en fort déclin à tel endroit, ou partout sur le territoire, ou dans tel milieu, on peut prioriser certains efforts de conservation.

ex_sorties_routines.png

Exemple d'autres types d'indicateurs, ici concernant l'alouette des champs : cartographie de présence absence, tendances à long et court terme

 

Quels observatoires ou protocoles sont concernés ?
Pour l'instant, la routine est encore en développement, elle n’a été testée que sur quelques observatoires : le travail fait par Mathilde concernait les données du STOC, et des tendances d’espèces de plantes ont également été calculées à partir des données de Vigie-Flore. Un des objectifs est de l’utiliser avec les données d’autres observatoires et cela implique des adaptations à faire au niveau du script. En ce moment je suis en train d'essayer de l'utiliser pour Vigie-chiro. Ça va se développer au fur et à mesure, l’idée c’est d’avoir un suivi de la biodiversité et de connaitre l'évolution des tendances des différentes espèces à partir des données des différents observatoires, sur tout le territoire métropolitain. C’est un défi car les manières de récolter les données selon les observatoires sont très différentes : c’est très formateur et cela pose des questions hyper intéressantes au point de vue statistique pour adapter la routine de manière à extraire des tendances pour les espèces suivies selon les différents protocoles.

A quelles échelles sont produit les indicateurs de tendance ?
Pour l'instant, la routine a été pensée pour connaître les tendances aux échelles nationale et régionale. Il est possible d’imaginer un développement vers d’autres échelles mais l’objectif prioritaire c’est plutôt d’adapter la routine pour obtenir les tendances par types d’habitats en plus des échelles administratives.
Pour le moment, l’option mise en place pour avoir une idée de ce qui se passe dans un type d’habitat (par exemple le milieu forestier, le milieu agricole…) est de regarder les tendances des espèces qui vivent généralement dedans. Or elles peuvent être observées dans d’autres habitats : décliner les tendances par habitat permettrait d’avoir plusieurs tendances pour chaque espèce, une pour chaque habitat dans lequel elle a été observée. On pourra aussi voir la tendance globale de toutes les espèces présentes dans un type de milieu. Ça permet de mieux comprendre l'évolution de la biodiversité en fonction des habitats et de pouvoir mesurer l'impact d’activités anthropiques liées à ces milieux sur les espèces.

Comment sont définis les différents milieux ?
Cela pose des questions qui sont en réflexion justement. Mais globalement, c'est sûr qu'on aura au moins les grands types de milieux : agricole, forestier, bâti-urbanisé et humides (landes, marais, etc). Après, on pourra plus ou moins préciser en fonction de ce que je vais trouver en explorant les données. Là Je travaille avec les données habitats des observateurs du STOC. C'est super intéressant parce qu’il y a beaucoup de catégories plus ou moins précises dans ces relevés d’habitat qui sont fait : ça va me permettre d’explorer pour que l’on puisse décider ce que l’on affine selon ce que l’on voit dans les données. Par exemple, pour le milieu agricole, si on se rend compte qu’on a de grosses différences sur les tendances des espèces lorsqu’elles sont dans un environnement où il y a telle ou telle production agricole, on pourra affiner ce milieu en plusieurs catégories.

Comment rendre cet outil opérationnel à long terme ?
C’est en grande partie sur ce sujet que je me suis penchée jusqu'à maintenant. Il faut que la routine puisse suivre l’évolution des outils, comme celles des fonctionnalités du logiciel R sur lequel elle s’appuie. Il faut aussi qu’elle puisse passer de main en main pour pouvoir la transmettre, que d’autres aient la possibilité de l’utiliser. Cela pose des questions techniques puisqu’il faudrait qu’elle puisse tourner sur différents environnements informatiques selon que l’on utilise un ordinateur sous Windows ou Linux, etc. avec des versions qui sont mises à jour régulièrement. Pour ça, j’ai déjà mis en place la possibilité de la faire tourner sur le cluster de la sorbonne : c’est un serveur externe donc cela permet d'éviter tous les problèmes de versions d’exploitation et de mises à jour.

HD. et Lise Bartholus

Vous aimerez aussi

Fond de carte